Bytyqi ble tidlig sett på som et stort talent, og havnet raskt i utenlandske klubbers søkelys. Som 15 åring var han på prøvespill i Premier League-klubben Newcastle.[3]
August 2012 ble Bytyqi og Sandnes Ulf enig med østerrikske Red Bull Salzburg om en overgang for spilleren, gjeldende fra 1. januar 2013.[6] Bytyqi etterfulgte dermed Håvard Nielsen og Valon Berisha som signerte for klubben tidligere samme år.[7] Spilleren opplevde problemer med språk og tilpasning i Salzburg, og vendte dermed tilbake til Sandnes Ulf på lån etter 6 måneder i klubben.[8][9] Returen til Sandnes Ulf bød på flere problemer og lite spilletid. Mistro til trener Asle Andersens taktiske vurderinger gjorde at spilleren kom på kant med klubben.[10]
Viking
Den 6. januar 2015 ble Bytyqi presentert som Viking-spiller etter å ha undertegnet en 3-årskontrakt med klubben.[11] Bytyqi fikk sin debut for Viking i tippeligaens1. runde, 6. april 2015, da han ble byttet inn for Samuel Adegbenro etter 70 minutter. Kampen ble spilt borte mot Mjøndalen på Isachsen Stadion og endte 1-0 til hjemmelaget.[12] Bytyqi fikk sitt første Viking-mål i runden etter, hjemme mot Tromsø. Dette var spillerens første mål på toppnivå i karrieren, og kampen endte 3 - 1 til Viking.[13] Den 20. april 2017 forlenget Bytyqi kontakten med 2 år.[14] I november 2018 forlenget han kontrakten til ut 2020.[15] Spilleren fikk flere oppturer i løpet av sesongen, blant annet den kampavgjørende skåringen mot Start som ble spilt på den tradisjonsrike 16. mai runden foran over 12000 tilskuere.[16] Bytyqi spilte totalt 21 kamper i sin debutsesong for klubben, derav 12 fra start. Laget hadde en god sesong, og var lenge med i medaljestriden, men endte til slutt på en 5.-plass.
Etter seks sesonger i mørkeblått ble det den 8. januar 2021 klart at Bytyqi hadde signert for den tyrkiske Süper Lig-klubben Konyaspor.[17]
Konyaspor
Den 8. januar 2021 signerte Bytyqi en to og et halvt års kontrakt med den tyrkiske klubben Konyaspor, og fikk draktnummer 14.[18] To dager senere fikk han sin debut for klubben, i kampen mot Fatih Karagümrük, da han ble byttet inn for Deni Milošević etter 75 spilte minutter.[19]
CSKA Sofia
I september 2024 signerte Bytyqi for den bulgarske klubben CSKA Sofia.[2]
