Ifølge United States Census Bureau er byens areal 11,7 km², hvorav 11,4 km² består av land og 0,3 km² består av vann. Elven Huron renner gjennom både Ypsilanti og Ypsilanti Charter Township. Ypsilanti ligger i den vestre delen av Detroit-området. Forstadsutbygging mellom Ypsilanti og Ann Arbor via Washtenaw Avenue og Packard Road har pågått siden slutten av 60-tallet