I 1853 kom han tilbake til Tyskland og bodde noen år i Frankfurt, hvor han bl.a. malte bildene Gefangennahme Franz I. in der Schlacht bei Pavia, Eine Episode aus der Geschichte des Lützowschen Freikorps (1861), Der Tod Franz von Sickingens (1861) og Reformatorenversammlung in Marburg (1862). Alle finnes idag i Germanisches Nationalmuseum.
Lindenschmit flyttet i 1863 til München, og malte der bl.a. bildene Der Fischer und die Nixe (Schackgalerie), Jahreszeitenfriese og Currendschüler Martin Luther an der Thüre der Frau Ursula Cotta um Brod singend.
I 1883 og 1884 dekorerte han rådhussalen i Kaufbeuren med historiske og allegoriske veggmalerier. Han fullførte i 1886 et stort, figurrikt historiebilde, Einzug Alarichs in Rom.
Som kolorist utmerket Lindenschmit seg gjennom sin bruk av halvmørke. I flere av bildene er imidlertid bruken av bruntoner noe i overkant. I senere bilder er farvebruken rikere.
^abRKDartists, «Wilhelm von Lindenschmit», RKD kunstner-ID 50154[Hentet fra Wikidata]
^abKunstarkivet, abART person-ID 22407, besøkt 1. april 2021[Hentet fra Wikidata]
^abSocial Networks and Archival Context, oppført som Wilhelm Lindenschmit the Younger, SNAC Ark-ID w6224kb5, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]