Han studerte arkitektur ved Tallinns tekniske skole for bygningsteknikk og mekanikk, senere også historie ved Universitetet i Tartu. Han hadde tekniske stillinger på offentlige arbeider.[1][2]
I 1977 gikk han inn i den estiske motstandsbevegelsen. Han begynte å samle informasjon om menneskerettighetsbrudd og spre illegale blader og litteratur (samizdat). Han undertegnet flere protestbrev. I 1980 ble han arrestert av KGB.[1][3][4][5] Han satt to år i fangeleir i Perm før han ble sendt i to års indre eksil i Kolyma. I 1984 vendte han tilbake til Estland, men med yrkesforbud, meldeplikt og portforbud om natten. Han klarte likevel å bistå motstandsbevegelsen.[1]
Da Estland erklærte sin uavhengighet fra Sovjetunionen i 1991, ble Niitsoo medlem av Estlands grunnlovsgivende forsamling. Ved de første frie valgene i 1992 ble han valgt inn i Riigikogu (Riksdagen). Han var leder for ERSPs riksdagsgruppe fra 1993 til 1995.[1][6] Han ble ikke gjenvalgt til Riigikogu i 1995, men møtte som vara fra 1996 til 1999. Han ble ekskludert fra Fedrelandsunionen i 1997.[6][7]
Fra 2000 til han ble pensjonist i 2012, arbeidet Niitsoo med internkontroll og revisjon i den estiske staten. Som historiker har Niitsoo forsket på motstanden mot Sovjetunionens okkupasjon av Estland.[1]
^Karu, Ülo og Hint, Endla (1992). Kes on kes Eesti poliitikas 1988–1992 (på estisk). Eesti Entsüklopeediakirjastus. s. 42. ISBN5-89900-023-6.CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)