Museets hovedbygg ble satt opp i 1994 og er bygget etter tradisjonell samisk byggeskikk og det omkringliggende landskapet. Hovedbygget inneholder basisutstillinga «Sjøsamene» og barnerommet «Stállobiedju» («stallos hi»), samt midlertidige utstillinger av ulik art. Museet har også kafe, museumsbutikk og turistinformasjon, samt et uteområde med blant annet fuglekikkerskjul og lekeplass. Museet fungerer også som kulturhus for lokalbefolkningen.
Museet forvalter også Mortensnes kulturminneområde (samisk:Ceavccageađge) som omfatter en kultursti med samiske hustufter, graver og offerplasser og en infohall.