Jørgensen tok hovedfag i immunologi ved Universitetet i Tromsø i 1977[1] og doktorgrad i 1982.[2]. Han ble professor i 1989.
Fra 1984 var ledet han et forskerteam som utviklet en vaksine mot laksesykdommen kaldtvannsvibriose (da kalt «Hitra-syken») som forårsaket så omfattende fiskedød at store deler av oppdrettsnæringen var lite lønnsom. Jørgensens forskergruppe utviklet en effektiv vaksine for sykdommen i 1987. To år etter hadde de også utviklet en vaksine for fiskesykdommen furunkulose. Dette var medvirkende til at antibiotikaforbruket i norsk oppdrettsnæring falt fra 40 tonn/år til svært små kvanta siden midten av 1990-tallet.[3] Fremdeles vaksineres all laks mot de tre bakteriesykdommene Jørgensen og kollegene fant vaksinen mot.[4]
Gjennom MabCent forsket Jørgensen på bioaktive produkter med høy verdi gjennom å kartlegge ekstrakter av marine organismer fra det arktiske miljø i Barentshavet.[5]
