Verk som representerer Aagaard-Nilsens fokus på å uttrykke narrative og visuelle aspekter i en tilnærmet impulsiv form, inkluderer Fabula I og Fabula II (1996), Sinfonietta (1998) og The Season of Blue Lights (2008) komponert for BIT20 Ensemble. Et sterkere fokus på ekspressive elementer i Aagaard-Nilsens komposisjoner finner man i verk som Pierrot´s Lament (Concerto for Euphonium and Orchestra) , urfremført i 2001 med Lahti Symphony Orchestra. Trompetkonserten Blue Phrases (2007), sinfoniettaverket The Season of Blue Light og kvartetten Blue Fragments (2008) er andre sentrale eksempler på Aagaard-Nilsens ekspressive fokus, mens Orkesterverket Boreas Sings (2012) representerer en ny retning der et spekter av farger og dansende rytmer blir tydelige. I 2014 var verket Boreas Blæs (2014), urfremført av Nordnorsk Opera og Symfoniorkester, med å åpne konserthuset Stormen i Bodø.[4]
I mars 2016 ble Aagaard-Nilsen tildelt Musikkforleggerprisen i kategorien årets verk, klassisk/samtidsmusikk for stykket «Dirty Dancing» komponert for og urfremført av Christiania Blåseensemble i 2015.[5] Han ble også nominert i samme kategori for «Boreas Syng (Boreas Sing)» samme år, og for «Three Fancies For Wind Ensemble» i 2023 og i klassen årets verk - stort ensemble sammen med Malin Kjelsrud for Gespenster i 2025.[6][7][8]
Konsert for Trompet og Strykeorkester, urfremført med Ole Edvard Antonsen (1996)
Konsert for Trombone og Strykeorkester, urfremført med Jesper Juul Sørensen som solist (1998)
Konsert for Euphonium og Orkester, urfremført i 2001 i Lahtis, Finland av Lahti Symphony Orchestra med engelske Steven Mead som solist og dirigent Osmo Vänskä.
Konsert for Tuba og Orkester, komponert i 1997, fikk sin urfremføring av Trondheim Symfoniorkester i april 2003 med Frode Amundsen som solist.