Fyssas startet sin karriere i Panionios' ungdomsakadem, og debuterte på seniornivå i 1990-91 sesongen. Etter åtte sesonger i klubben, hvor han var med på å vinne den greske cupen, signerte han for Panathinaikos i 1998. Han kom i 1999 med på landslaget til Hellas og debuterte i en kamp mot Finland. Han fikk også sin debut i Mesterligaen for Panathinaikos, i 2000-01 sesongen.
I desember 2003 flyttet han til Lisboa og Benfica, hvor han spilte i en og en halv sesong. Sesongen 2003-04 var han med på å vinne den portugisiske cupen og sesongen etter ligaen. I denne perioden kom Fyssas høydepunkt i karrieren, Hellas' seier i fotball-EM 2004 i Portugal, hvor han spilte samtilge seks kamper (startet fem).
Etter å ha forlatt Benfica sommeren 2005, besluttet Fyssas å flytte til Skottland og spille for Hearts FC, til tross for rapportert interesse fra England og Tyskland. Han vant i 2005-06 den skotske cupfinalen for klubben da de slo Gretna FC. Hans første og eneste Hearts mål kom i en ligakamp mot Motherwell den 9. desember 2006. Han forlot Edinburgh-klubben på slutten av sesongen 2006-07 for å flytte tilbake til Panathinaikos. Han la opp i 2008.
Referanser
^FBref, FBref spiller-ID 87964c0a[Hentet fra Wikidata]
^transfermarkt.com, Transfermarkt spiller-ID 9845, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
