Tønder vokste opp ved en naturlig rasteplass for oksetransporter mot sør, i 1243 fikk den byrettigheter. Den var da en av de få havnene på Slesvigs vestside (som byen dengang tilhørte). Tønderhus borg ble oppført av Erik I av Slesvig ca.1265–70. Takket være at områdets innbyggere vant land fra sjøen, mistet Tønder adgangen til havet og dermed en del av sin betydning som handelsby. Opp igjennom historien har Tønder vekselvis vært tysk og dansk, og fremdeles er en tysk minoritet bosatt i kommunen.
Tønder i dag
TønderEksempel på Tønderknipling
Byen er i dag en moderne skole- og arbeidsby med blant annet aluminiumsindustri, fotolaboratorium, støpefabrikker og sko-fabrikken ECCO ved siden av et aktivt handelsliv. Nærmeste naboby er Møgeltønder, som ligger 4 km vest for Tønder.
Tønder er kjent for gammel arkitektur. I byen ligger mange gater og hus fra 1600-tallet, da byen opplevde en kraftig vekst i kniplingsindustrien. Fremdeles spiller kniplingene en rolle i byen, nå ved den spesielle kniplingsfestivalen som arrangeres i byen som er kjent for de spesielle «tønderkniplinger». Den trekker besøkende fra hele verden.
Hvert år arrangeres Tønderfestivalen den siste hele helgen i august. Den en av Europas viktigste festivaler innenfor tradisjonell og moderne folkemusikk, roots og blues. Festivalen ble arrangert for første gang i 1974 og i 2006 var det ca. 1900 frivillige medarbeidere tilknyttet den.
Tønder er i tillegg et ikke uvanlig etternavn i Norge og Danmark. I Nederland og i Sør-Afrika finnes varianten van Tonder, som betyr «fra Tønder».
