Filekovič startet sin fotballkarriere hos den lokale klubben Olimpija Ljubljana i 1997, hvor han spilte i underkant av 60 kamper frem til 1999 da han dro videre til Maribor. Hos Maribor spilte han rundt 120 kamper frem til 2003, da han meldte overgang til kroatiske Hajduk Split. Etter kun syv seriekamper på én sesong dro han videre til den greske klubben Ergotelis i 2005.
Etter å ha spilt ti kamper for Ergotelis dro han til Belgia og klubben Mouscron, hvor han 19 kamper og to mål. Deretter gikk turen videre til den russiske klubben Krylia Sovetov i 2006, før han kom tilbake til Maribor i 2007. I midten av september 2009 signerte han under på en kontrakt med engelske Barnsley FC, men denne kontrakten ble sagt opp allerede i oktober samme år uten at Filekovič hadde fått spille seriekamper for klubben.
Landslagskarriere
Filekovič fikk sin landslagsdebut for Slovenia i en vennskapskamp mot Italia den 21. august 2002. Han har siden fått ytterligere 13 kamper, henholdsvis syv kamper i 2005, to kamper i 2007 og to kamper i 2009. Filekovič var for øvrig én av 23 spillere som ble tatt med i den slovenske troppen til VM i fotball 2010 av landslagstrener Matjaž Kek.
