Medicifamilien styrte storhertugdømmet til slekten døde ut i 1737. Storhertugdømmet ble da arvet av Frans Stefan av Lothringen, svigersønn til keiser Karl VI. Frans Stefan, som selv ble tysk-romersk keiser i 1747, styrte Toscana til sin død i 1765, da han ble etterfulgt av sin yngre sønn Peter Leopold. Han styrte til 1790, da han etterfulgte sin bror som keiser.
Storhertugdømmet ble etter dette oppløst og erstattet av Kongeriket Etruria, styrt av medlemmer av huset Bourbon-Parma. Kongeriket Etruria ble i sin tur annektert av Frankrike i 1807 og omdannet til departementene Arno, Méditerranée og Ombrone.
I juli samme år abdiserte Leopold fra sitt eksil i Wien til fordel for sønnen Ferdinand IV, som imidlertid aldri regjerte. Toscana var under Kongeriket Sardinias administrasjon, og Ferdinand ble formelt avsatt av den faktiske regjeringen 16. august. I desember 1859 opphørte Storhertugdømmet Toscana å eksistere, og det ble sammen med Hertugdømmet Modena og Hertugdømmet Parma innlemmet i De forente sentralitalienske provinser, som igjen ble annektert av Kongeriket Sardinia noen få måneder senere, i mars 1860.