Byen vokste frem rundt borgen Stegehus som ble grunnlagt i 1247. Stege ble kjøpstad i 1268. Byens mølleport er fra det 16. århundre. På begynnelsen av 1900-tallet var Stege den mest betydningsfulle handelsbyen på Møn, og produksjon av sukker var en av byens viktigste industrier. Sukkerfabrikken ble nedlagt i 1989.