Losjen ble innviet som St. Johanneslogen Polarstjernen i Trondhjem den 7. mai 1893. Den var en av syv «humanitære» St. Johanneslosjer som ble grunnlagt i Norge av den tyske storlosjen «Zur Sonne» i Bayreuth i Oberfranken i kongedømmet Bayern. Under årsmøtet til «Zur Sonne» i Konstanz i republikken Baden den 8. mai 1920, ble Polarstjernen konstituert som Den Norske Provincialloge Polarstjernen. Provinsiallosjen hadde et ledende ansvar for de andre «humanitære» losjer i Norge. Innvielsen fant sted den 10. juli 1920.
Utbryterne i de «humanitære» losjene var blitt tildelt en konstitusjonspatent av «Zur Sonne». Det oppstod således en organisasjonsmessig splittelse i Norge mellom losjene under svensk jurisdiksjon og de nye humanitære losjene under tysk jurisdiksjon. En lignende splittelse hadde man også Danmark, hvor Det Danske Frimurerlaug ble opprettet i 1893 og Johanneslogeforbundet af Gamle, Frie og Antagne Murere i 1900 i opposisjon til Den Danske Frimurerorden. Splittelsen i Danmark opphørte i henholdsvis 1959 og 1961.
Den 26. september 1947 ble provinsiallosjen underlagt Den Norske Store Landsloge, og omdøpt til St. Johannes Logeforbundet Polarstjernen. Logeforbundet hadde sitt siste møte den 17. september 1960, hvoretter de «humanitære» losjer av St. Johannes ble innlemmet i Den Norske Frimurerorden. Polarstjernelogene har fått lov til å arbeide med ritualer som avviker noe fra ritualene i de andre norske St. Johanneslosjene.
