Bodø har en rekke idrettsklubber og foreninger innenfor breddeidretten i tillegg til elitelag i fotball og håndball. Den mest kjente er nok Bodø/Glimt som spiller i eliteserien i fotball for herrer. Bodø Håndballklubb har spilt i eliteserien for menn. Det finnes i tillegg en rekke breddeidrettslag med tradisjonelle idretter som fotball, håndball, ski og mer spesialiserte idrettslag innenfor kampsport og travsport.
Den eldste klubben i byen er Bodø og Omengens idrettsklubb som ble stiftet på slutten av 1800-tallet.
På damesiden i fotball har I.K. Grand Bodø markert seg i 1. divisjon med flere landslagsuttatte spillere på både A-landslag og aldersbestemte landslag. Grands beste prestasjon gjennom tidene er en delt tredjeplass i seriesluttspillet 1986.
Innen håndball har Bodø hatt både herrelag og damelag i øverste divisjon. Bodø Håndballklubb har deltatt på herresiden med bronse i toppserien som beste prestasjon, klubben spiller nå på høyeste nivå, etter å ha rykket opp fra 1. divisjon.
Tidligere har I.K. Junkeren deltatt i eliteserien i håndball for kvinner, men måtte gi seg grunnet dårlig økonomi. Junkerens beste prestasjon var fjerdeplass i toppserien og en kvartfinale i Europa-cupen. Klubben har for tiden ikke seniorlag.
Ellers har Bodø en rekke klubber for aldersbestemte lag og mindre idrettsgrener.