Navnet Shoalwater Bay ble gitt av James Cook 28. mai 1770.[2] Fra 1853 begynte den første europeiske bosettingen i området og fra 1860 ble aboriginene gradvis fjernet fra området.[3]
Under Vietnamkrigen var Shoalwater Bay øvingsområde for australske soldater før de ble sendt til Vietnam, og stedet er blant annet nevnt i sangen I Was Only Nineteen av gruppa Redgum.