21. september 1942 ble familien hans kastet ut av sitt hjem av SS på to timers varsel.[5] En måned senere, 26. oktober, ble han arrestert av det norske Statspolitiet under deres hovedaksjon for å arrestere mannlige norske jøder denne dagen.[6] Samuel Steinmann ble registrert i mottaksprotokollen på Bredtveit 26. okt. 1942.[7] Han ble høsten 1942 internert i Berg leir hvor norske NS-hirdmenn utsatte ham for vold og nedverdigelse. I november samme år ble han deportert med DS «Donau» til Auschwitz sammen med rundt 531 andre norske jøder. Samuel Steinmanns bror, Harry Steinmann, ble drept kort tid etter ankomst til leiren. Samuel Steinmann fikk tatovert inn fangenummer 79 231. I mars 1943 levde fortsatt et tyvetalls norske jøder av de 186 som tidligere ble sortert ut som arbeidsdyktige av tyskerne.[5] Steinmann ble overflyttet til arbeid med vindusvask og senere sykehustjeneste i Monowitzleiren i Auschwitz, noe som trolig reddet livet hans, fordi forholdene på sykehuset var langt mindre brutale enn de øvrige arbeidsleirene.
Resten hadde omkommet. Fryst i hjel, sultet i hjel, slått i hjel, skutt. Saken var den at … ble du syk og kom inn på «krankenbau» som det het, eller «revier», altså fangesykehuset, og hvis du ikke ble frisk i løpet av noen dager så kom SS-legen ifra Auschwitz «hauptlager». Han så på kartotekkortet at du hadde ligget så og så lenge og hvilken tilstand du var, og hvis du ikke var sterk nok og hadde små sjanser for å bli frisk, så gikk du gjennom seleksjon. Var du uheldig så var det ut til høyre og man ble kjørt bort med lastebiler og kom aldri tilbake. Og det fikk jo vi da erfare, mennesker gikk rett i gasskamrene i Birkenau.
I januar 1945 ble Auschwitz tvangsevakuert av SS da Den røde armé rykket inn i Polen. 66 000 jødiske fanger ble sendt ut på dødsmarsj. De norske jødene som var med på denne marsjen var Samuel Steinmann, Herman Sachnowitz, Julius Paltiel, Leo Eitinger, Assor Hirsch og Pelle Hirsch. Marsjen gikk gjennom Tsjekkia og innover i Tyskland for å ende opp i Buchenwald. I Buchenwald satt også de norske studentene som hadde blitt internert høsten 1943.[8]
De hvite bussene, etter frigjøringen
I mars kom de hvite bussene til Buchenwald for å hente skandinaviske fanger hjem, men Samuel Steinmann og de øvrige fire norske jødene fikk ikke være med. De ble først befridd av amerikanerne 11. april, etter å ha lurt døden på nytt ved å stjele klærne med nummer på fra døde, ikke-jødiske fanger. Steinmann, Paltiel og brødrene Hirsch gjemte seg 6. april 1945 da jødene i leiren ble plukket ut og henrettet i et steinbrudd. Få dager senere ble leiren frigjort av amerikanske styrker og de fire kom frem fra skjulestedet. De hvite bussene hentet ut de norske studentene i Buchenwald, mens de fem jødene ikke fikk være med og de kom seg til Danmark på egen hånd.[9][10] De fem ble sittende fast i Buchenwald en måned etter frigjøringen, og kom seg til Danmark med leilighetsskyss 17. mai.
Han kom tilbake til Oslo 30. mai 1945 etter å reist gjennom Tyskland og det siste stykket med båt. I Møllergata slapp han inn for å se Quisling sittende på celle.[11]
