I 1627 ble han prest ved Anwoth i Galloway. Der ble det sagt om ham at «han alltid bad, alltid preket, alltid besøkte de syke, alltid gav trosundervisning, alltid skrev og studerte».[2]
Rutherfords politiske bok Lex, Rex (tittelen betyr «loven (og) kongen» og kan forstås som «loven (er) kongen») presenterte teorien om et begrenset styre og konstitusjonalisme. Det var en uttrykkelig gjendrivelse av «Rex Lex» eller «kongen er loven». Hans argument mot «Rex Lex» var Femte Mosebok 17, og den støttet regelen ved lov framfor regelen ved menn, basert på slike konsepter som skille mellom makten og pakten, en forløper til sosiale kontrakter. Den la fundamentet for senere politiske filosofer som Thomas Hobbes og John Locke og således for moderne politiske systemer som De amerikanske stater. Etter den engelske restaurasjonen ble Lex, Rex brent av myndighetene og krevde dødsstraff for høyforræderi for forfatteren, men hans død hindret dommen i å bli iverksatt.
Rutherford var også kjent for hans religiøse skrifter som Christ Dying and drawing Sinners to Himself og hans Letters. Angående det sistnevnte verket skrev Charles Spurgeon: «Når vi er døde og borte, la verden vite at Spurgeon holdt Rutherfords Letters til å være det nærmeste tingen til inspirasjon som kan bli funnet blant alle skriftene til rene menn» (altså bortsett fra Bibelen). De trykte utgavene av Letters inneholdt 365 brev og passet godt for å lese en per dag.
Rutherford var en sterk tilhenger av kirkerådets guddommelige rett, prinsippet at Bibelen kaller for presbyteriansk kirkeregjering. Blant hans polemiske verker er Due Right of Presbyteries (1644), Lex, Rex (1644), og Free Disputation against Pretended Liberty of Conscience.
