Fjorden har innløp i sørvest mellom Galleneset på Holsnøy og Salhus. Fra her strekker den seg rundt 4 kilometer nordøstover. Fjorden blir krysset av Nordhordlandsbrua, som har en lengde på 1,6 kilometer, det nest lengste i landet etter Drammensbrua. Brua er en del av E39 og går fra Klauvaneset ved Tellvik og over fjorden til Flatøy. Krossnessundet og Håøysundet ligger mellom Flatøy og Holsnøy og går nordover til Kvernafjorden og Radfjorden.
Salhusfjorden ender mellom Klubben i Knarvik i nord og Hordvikneset i sør. Fra her går Osterfjorden videre nordøstover, mens Sørfjorden går sørøstover.