Han ble nominert til Alarmprisen 2002 i klassen årets house/technoalbum for soloalbumet Søndag og til Spellemannprisen 2013 i klassen elektronika/dancemusikk for albumet Krasava.[1][2]
Dagens Næringsliv publiserte 19. mars 2011 en artikkel hvor det gikk frem at Rune Lindbæk anklaget tidligere samarbeidspartner Torbjørn Brundtland og hans nåværende hovedprosjekt Röyksopp for å ha stjålet åndsverk fra Lindbæk og benyttet seg av dette i låtene «40 Years Back/Come» og «A Higher Place» på albumet Melody A.M..[4] 14. november publiserte Brundtland og Svein Berge i Röyksopp et 45 sider langt skriv på nettsiden royksoppsvarer.com, datert 20. april 2011[5], hvor de la fram sin versjon av saken[6]. Den 17. november samme år kom Lindbæk med motsvar på sitt eget nettsted[7]. 6. mars 2013 ble det klart at Rune Lindbæk tapte på alle fronter i saken, og ble dømt til å betale 788 140 kroner i saksomkostninger.
[8] Lindbæk anket dommen, og anla injuriesøksmål med bakgrunn i teksten på royksoppsvarer.com. I desember 2013 ble det så klart at partene hadde kommet fram til et forlik uten å gå til retten[9].