Hagen startet fotballkarrieren på Ringerike i Hønefoss Ballklubb (daværende Liv/Fossekallen). Etter en uenighet med finansmann Aage Thoresen, daværende klubbinvestor, fikk Hagen sparken og ble lånt ut til Start i 1996 [1]. Hagen signerte for Strømsgodset i 1997 og spilte for Godset til 1999. I Godset opplevde Hagen suksess med angrepstrioen Jostein Flo og Lasse Olsen, og vant cup-sølv og serie-bronse med klubben. Hagen oppnådde kultstatus i Strømsgodset og gikk under kallenavnet Elvis, grunnet sin store begeistring for Elvis Presley. Han meldte overgang til Vålerenga etter Strømsgodsets nedrykk i 1999. Etter sesongen 2001 gikk Rune Hagen tilbake til Strømsgodset. Han forlot klubben igjen foran 2005-sesongen til fordel for danske Herfølge. Overgangen skapte en stor konflikt mellom Hagen og Strømsgodset [2][3]. Etter spill i dansk fotball signerte Hagen for den greske fotballklubben PAE Ergotelis. Hagen har også vært innom kypriotisk og amerikansk fotball.
Hagen uttrykte ofte sterke meninger om norsk fotball. Han var blant annet svært kritisk til Egil Olsen og den defensive spillestilen som preget norsk fotball i mer enn to tiår. Hans fotballkarriere var preget av konflikter med trenere og klubber noe som var bakgrunnen for at han valgte å spille for danske Herfølge Boldklub. Hagen ble kåret til klubbens beste spiller av supporterne den halve sesongen han spilte for Herfølge.[trenger referanse]
Hagen var hovedtrener for Lillehammer Fotballklubb 2019-2022.[5][6]
Familie
Han er tvillingbror til den tidligere fotball- og landslagsspilleren Erik «Panzer» Hagen[7]. Didrik Fredriksen som spiller for Åsane i OBOS-ligaen er nevø av Hagen-brødrene [8].
^«Dette laget er Norges siste fotballsuksess». www.aftenposten.no. 31. mai 2013. Besøkt 24. oktober 2021. «Forrige gang Norges U21-landslag var i et EM-sluttspill var helt tilbake til 1998. Den gang sendte Real Madrid-stjernen Guti Spania til finalen på bekostning av Norge etter et overtidsmål. Nils Johan Sembs mannskap måtte ta til takke med bronsefinale. Den vant de 2-0 mot Nederland. Nå håper Semb at Tor Ole Skullerud kommer hjem fra sommerens EM i Israel med gullet hans lag aldri fikk.»