Dypt inne i kloakkene under New York City oppholder fire mutante skilpadder seg: Raphael, Donatello, Leonardo og Michelangelo er nå i begynnelsen av tenårene, og brødrene reiser ofte på nye og spennende eventyr. De utnytter deres mystiske ninja-krefter, samtidig som de forsøker å navigere i den moderne verden. Brødrene får et helt nytt utseende, nye våpen og nye krefter, samtidig som de oppdager den skjulte byen under New York.
I den første sesongen møter skilpadde-brødrene, sammen med vennen deres April O'Neil, en ondskapsfull alkymist ved navn Baron Draxum og den farlige kriminelle gjengen Foot Clan. De lærer også om Mester Splinter's hemmelighet: At han en gang var ekspert på kampsport, og en stor film-stjerne. Skilpaddene må forsøke å samle biter av en gammel rustning kalt Kuroi Yōroi for å forhindre at Foot Clan og Draxum gjenoppliver Shredder, en mystisk demon som en gang ble forvist av Splinters forfedre. I den andre sesongen møter brødre forskjellige nye og gamle fiender, spesielt den onde Shredder. Ninja Turtles må stoppe Shredder fra å ødelegge hele New York City. I denne prosessen må de også hjelpe baron Draxum med å oppdage hans egen bedre natur.
Skuespillere
Raphael (stemme gitt av Omar Benson Miller) den eldste av Ninja Turtles, og deres leder.
