Puerto Maldonado er en by i det sørøstlige Peru i regnskogen i Amazonas 55 kilometer vest for den bolivianske grensen og ved stedet hvor elvene Madre de Dios og Tambopata møtes. Byen er hovedstaden i Madre de Dios (region), ligger om lag 183 moh. og har 50 661 (2005) innbyggere.[trenger referanse]
I området som grenser til Puerto Maldonado ligger Manu nasjonalpark, Tambopata verneområde og Bahuaja-Sonene nasjonalpark som er noen av de best bevarte primære regnskoger i verden, kjent for sitt biologiske mangfold.[trenger referanse]
Historie
Puerto Maldonado ble etablert i 1902. Byen fikk navn etter Faustino Maldonado, Tarapoto, som hadde utforsket elven Madre de Dios i 1861 og druknet i et stryk i elven Mamoré i Bolivia.
Byen var tidlig en viktig by for gummiindustri. På 1980-årene kom flyplassen i drift.