Universitetet er Colombias eldste,[trenger referanse] og ble stiftet av og har hele tiden vært under ledelse av jesuittordenen.
Grunnlaget ble lagt i 1604, og i 1623 fulgte den erkebiskoppelige anerkjennelse. I 1767 måtte universitetet stenge, i sammenheng med de spanske tiltakene mot jesuittordenen.
I 1930 ble universitetet gjenåpnet av pave Pius XI.
Både nå og tidligere har en rekke norske studenter oppholdt seg der.
