Petter Aasen var tidligere dekan ved Det samfunnsvitenskapelige fakultet ved Universitetet i Trondheim og ved Fakultet for samfunnsvitenskap og teknologiledelse ved Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU). Han har vært medlem av og ledet en rekke fagkomiteer, råd og utvalg på institusjonelt, regionalt, nasjonalt og internasjonalt nivå. Aasen har hatt utredningsoppgaver og vært rådgiver for blant annet Norges forskningsråd, Kunnskapsdepartementet, norske og svenske universiteter, Vetenskapsrådet og Statskontoret i Sverige og OECD.
Aasens forskningsfelt er utdanningspolitikk og utdanningsreformer. Han har ledet nasjonale og internasjonale prosjekter innenfor sitt fagfelt. Han er forfatter av flere bøker og en rekke artikler i norske og internasjonale tidsskrifter.
Aasen er redaktør for Nordic Journal of Studies in Educational Policy (NordSTEP). Han er styreleder for Norsk samfunnsvitenskapelig datatjeneste (NSD) og for Utbildningsvetenskapliga kommittén i det svenske Vetenskapsrådet. Han ble i 2012 utnevnt til æresdoktor ved Uppsala universitet for fremstående vitenskapelig innsats og arbeidet for å fremme utdanningsvitenskapelig forskning.