Først 11. april 1940 ble Gojdič ordinarie bispedømmebiskop av Prešov.
Biskop Gojdič var den eneste slovakiske biskop som offentlig protesterte mot jødeutryddelsene under andre verdenskrig. Flere andre protesterte offisielt men direkte til politisk myndighet. I tillegg fikk han hundrevis av jøder døpt proforma for å sikre dem dåpsattester og redde dem fra folkemord.[7][8]
Etter den kommunistiske maktovertakelse i Tsjekkoslovakia ble Gojdič arrestert i 1950 sammen med sin hjelpebiskop Vasiľ Hopko og andre gresk-katolske geistlige som motsatte seg statlig undertrykkelse av deres kirke.
Det ble gjennomført en rettssak mot Gojdič og de katolske biskopene Ján Vojtaššák og Michal Buzalka, og da ble han dømt til livsvarig fengsel i januar 1951. Etter år med lidelser i fangenskap, døde Gojdič på sin 72-årsdag av kreft på Leopoldov fengselssykehus.