Pave Johannes Paul II utnevnte den 5. mars 1979 til biskop av El Obeid, og ble bispeviet den 5. mars 1979, etter å ha vært dette bispedømmets apostoliske administrator i fem år. Han var president for Sudans bispekonferanse fra 1989 til 1993 og igjen fra 1999 til 2006.[2] Det var paven selv som bispeviet ham i Peterkirken; medkonsekratorer var kurieerkebiskopene Duraisamy Simon Lourdusamy og erkebiskop Eduardo Martínez Somalo.
Erkebiskop av Juba
Lukudu ble utnevnt til erkebiskop av Juba den 19. februar 1983 og innehadde dette embedet til 12. desember 2019.
I 2015 søkte han ved sin 75-årsdag det i den katolske kirke sedvanlige søknad til paven om å få tre tilbake av aldersgrunner, men ble i stedet spurt om å fortsette inntil nye biskoper var blitt funnet til tre av hans suffraganbispedømmer, som hadde vært vakante i mange år.[3]
Paulino Lukudu Loro ble kjent som en kritiker av de politiske forhold i Sør-Sudan.[4] Han satte spørsmålstegn ved president Salva Kiir Mayardits integritet, og beskyldte ham og andre politikere i landet for korrupsjon, maktmisbruk og nepotisme. Fredsavtalen etter borgerkrigen i Sør-Sudan 2013 til 2018 var etter hans oppfatning «mangelfull og kan ikke bringe Sør-Sudan en ekte fred».[5] Han oppfordret også De Forente Nasjoner og Vesten om å oppre konsekvent i sin omgang med konflikter i Sudan øf Sør-Sudan.[6]
Han døde påskedag 5. april 2021 på et sykehus i den kenyanske hovedstad Nairobi i en alder av 80 år.[7]
