Paris–Roubaix 2006 fant sted den 9. april 2006 og var den 104. utgaven av det tradisjonsrike rittet. Rytterne startet i Compiègne og gikk i mål i Roubaix på en strekning på 259 km. Sveitseren Fabian Cancellara vant rittet foran Tom Boonen og Alessandro Ballan. Leif Hoste, Peter Van Petegem og Vladimir Gusev ble egentlig nummer 2-4, men bli diskvalifisert fordi de syklet videre når togbommen gikk ned like før mål.