Nez Perce Countys totale areal er 2 218 km² hvorav 19 km² er vann. I 2005 hadde fylket 37 931 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Lewiston som også er fylkets største by. Fylket ble grunnlagt i 1864 og har fått sitt navn etter indianerstammen Nez Percé. To elver renner gjennom fylket; Clearwater River og Snake River.