New Yorks flagg er blått og har delstatens våpenmerke i midten. Det ble innført 2. april 1901. Flagget er i størrelsesforholdet 10:19, slik USAs flagg også skal ha når det benyttes av føderale myndigheter.

Våpenet har en nokså naturalistisk form. I skjoldet er det et maritimt landskap med en oppvoksende sol. Landskapet kan muligens framstille Hudson-elven med handelsskip, noe som kan vise til betydningen av handel både med innlandet og med andre land. Solen er et gammelt symbol og kan her stå for den løfterike framtiden. Den ene skjoldholderen er frihetsgudinnen, som holder en stav med en rød frihetslue, og som tramper på en kongekrone. Den andre skjoldholderen er Justitia som holder et sverd og en vekt; dette er symboler for lov og rett. Symbolikken i våpenet er revolusjonær og anti-monarkistisk . Over skjoldet finnes en vulst med et hjelmtegn som har en globus og en ørn. Mottoet lyder Excelsior eller "stadig høyere".

Flaggets blå farge forklares med at under uavhengighetskrigen hadde Third New York Regiment blå fane med delstaten New Yorks våpen i midten. Fanen, som fortsatt er bevart, er fra 1778-1779 og har stått modell for mange militære faner i delstaten New York.

Også delstatene Pennsylvania, Connecticut, Sør-Carolina, New Hampshire, Virginia, Vermont, Kentucky, Indiana, Maine, Michigan, Wisconsin, Minnesota, Oregon, Kansas, Nevada, Nebraska, Nord-Dakota, Montana, Idaho, Utah og Alaska har delstatsflagg med blå flaggduk. Louisiana, Oklahoma og Sør-Dakota benytter en noe lysere blåfarge i sine delstatsflagg, mens Delawares delstatsflagg har en lysere, gråblå fargetone.

New York er en av delstatene der eget flagg for sivil bruk først kom i bruk. Delstatens første kjente flagg beskrives i 1858 som å bestå av en hvit duk med delstatens våpen. Dette flagget ser ikke ut til å ha vært offisielt vedtatt ved lov. Det skjedde først 8. april 1896 da et nytt delstatsflagg ble vedtatt, da med delstatens våpen i midten av en beige (engelsk: buff) flaggduk. Denne spesielle fargen benyttes også i delstatsflaggene for New Jersey og Delaware. Fargen er valgt fordi den ble benyttet i faner og uniformer for delstatens militære enheter tilbake til 1780. Under den amerikanske revolusjonen hadde troppene fra New York uniformer med beige slag. Forøvrig har mange av USAs delstatsflagg blå bakgrunn, dette fordi blått har vært en vanligere farge for militære faner. Flaggduken i delstaten New Yorks flagg ble endret til blå i 1901.

• Whitney Smith: The Flag Book of the United States — The Story of the Stars and Stripes and the Flags of the Fifty States, 1970

• New York State Flag Arkivert 24. desember 2018 hos Wayback Machine. fra New York State Library