De to store vendepunktene i hennes liv var da hun først mistet sin mann og fire barn under en gulfeber-epidemi i Tennessee i 1867, og da hun så mistet sin eiendom under den store brannen i Chicago i 1871. Tvunget til å forsørge seg selv ble hun involvert i arbeiderbevegelsen og sluttet seg til Knights of Labor, en forløper for Industrial Workers of the World (IWW eller «Wobblies»), som hun hjalp med å stifte i 1905. Hun var aktiv som organisator og underviste i streiker over hele landet. Hun var særlig involvert i United Mine Workers (UMW) og Socialist Party of America. Som en fagforeningsorganisator vant hun berømmelse for å organisere hustruer og barn i demonstrasjoner for deres krav. I 1903 organiserte hun barn som arbeidet i gruver og fabrikker i «Barnas korstog», en marsj fra Kensington, Pennsylvania til Oyster Bay, New York (president Theodore Roosevelts hjem) med bannere som krevde tid til å leke og til å gå på skole. Selv om presidenten nektet å møtes med de marsjerende, brakte marsjen emnet om barnearbeid opp på toppen av offentlighetens agenda.
De senere år
I 1913, under Painwillt Creek-Cabin Creek-streiken i Vest-Virginia, ble Mother Jones sammen med andre fagforeningsfolk anklaget for å være med i en sammensvergelse som inkluderte drap. Hun ble satt i husarrest i Pratt, Vest-Virginia. Hennes arrestasjon reiste et ramaskrik og hun ble snart løslatt da angriperne ble identifisert som assosiert med en prominent lokal forretningsmann. Efter hennes løslatelse beordret Senatet en undersøkelse av forholdene i de lokale kullgruver. Hun var også sentral under slaget ved Blair Mountain i 1921.
