Miljøministeriet ble etablert i 1971 som Ministeriet for Forureningsbekæmpelse, ledet av Jens Kampmann. Det fikk betegnelsen Miljøministeriet i 1973. Energiområdet, som hadde sitt eget ministerium i perioden fra 1979 til 1994, har vært tett tilknyttet Miljøministeriet. I 1994 kom energiområdet direkte inn under ministeriet, og Svend Auken hadde således tittel av miljø- og energiminister. Ved regjeringsskiftet i 2001 ble energi som saksområde flyttet ut under en rekke andre ministerier; den kanskje største del, energilovgivningen, havnet i Økonomi- og Erhvervsministeriet. Ved regjeringsomdannelsen i 2005 ble energiområdet underlagt Transport- og Energiministeriet. I 2007 ble energiområdet underlagt det nyopprettede Klima- og Energiministeriet, som senere har skiftet navn til Klima-, Energi- og Forsyningsministeriet.
Struktur
Miljøministeriet omfatter en rekke etater og institusjoner:
