Som student ved Københavns universitet var han i 1611 medlem av en klubb som vedtok at «dersom ingen Student maatte gaa udi noget Huus, at drikke en Pot Øll [...] ville de ikke gaae paa Lectie». For dette ble han utvist for to år. Etter studier i Wittenberg ble han huslærer hos adelsmannen Claus Daa (1579-1641)[3] i Danmark. I 1614 tok han baccalaureat-graden i København, og på grunnlag av et anbefalingsbrev fikk han rektorstillingen i Trondheim.[4]
Diktverk
Etter en stor storm på Folda i februar 1625, da mange fiskere mistet livet, skrev han klagediktet Threnologia Numdalensis.[5][6]
Diktet er en av de første skildringer av livet i det nordenfjeldske Norge; det har antagelig vært kjent av Petter Dass, og kan ha påvirket ham.[7][8] «Sammen med en vise om en lignende sjøulykke ved Finnmarkskysten i 1625 utgjør Mikkel Mogenssøns Threnologia, i all sin ubetydelighet, en av de tidligste prøver på den geistlig-folkelige poesi som er en av forutsetningene for Petter Dass' diktning,» skriver Francis Bull.[9]
Diktets fulle navn er Threnologia Numdalensis, eller Numdal Tenck der paa…:
Naar Elementer strenge grassere met en fart,
Ingen kand dem forhindre,(...)
Herren kand dennem binde,
med sit Ord dennem tvinge,
at de maa vige bort.
Her fremstilles det som Gud har makt til å binde stormen, heller enn å forårsake den.[10]
Da Bakklandet i november 1634 ble rammet av et leireskred, skrev Mogenssøn skillingsvisenLamentatio Nidrosiensis - Om det gruelige Jordefald, som skeede ved Trundiemb, paa Backelandet den 10 Novembris 1634, imellom 5 oc 6 slet, om Morgenen.
Mogenssøn så jordraset som ett av mange tegn på Guds vrede, i likhet med «Comæter» og andre «onde Aspecter som steds' i Lufften vancke». Stormer raste til sjøs og brakte død over fiskerne der ute, og på land ble mennesker rammet av store branner som tegn på at dommedag rykket nærmere.[11]
