Flyselskapet ble etablert og startet sin virksomhet i 1962 som Maya Airways. Det ble etablert som en etterfølger av det statseide British Honduras Airways, et datterselskap av BWIA som opphørte drift i 1961. I desember 1997 ble Maya Airways og Island Air slått sammen for å danne Maya Island Air.[2] I november 2007 mistet alle flyselskaper fra Belize sin tillatelse til å lande i Guatemala på grunn av Guatemala ble oppgradert til kategori 1. Senere ble Maya Island Air istand til å fly på Guatemala. Fra 8. juli 2009 til mai 2011 fløy det også til Belize City-Cancun.
Destinasjoner
Maya Island Air opererer følgende flyvninger (november 2007):[3][3]
Den 4. desember 2007 var en Maya Island Air Cessna 208B Caravan V3-HFS i ferd med å ta av fra Corozal Airport for å fly til San Pedro Airport, da pilotene måtte avbryte avgangen, men var ikke i stand til å stoppe flyet på den gjenværende rullebanen. Flyet kjøre inn et piggtrådgjerde og inn i flere appelsintrær før det stoppet 520 meter utenfor rullebanen. Understellet ble revet av og fly påført betydelig skader. Ingen av de 12 passasjerer og mannskap omkom eller ble skadet i ulykken.[5]