Mary Joe Fernandez ble profesjonell tennisspiller i 1986. I løpet av sin tenniskarriere vant hun to olympiske gull-medaljer og to Grand Slam-titler i double.
Totalt vann hun sju single- og nitten doubleturneringer.
I 1985, kun 14 år gammel ble hun den yngste spilleren som har vunnet en kamp i Grand Slam-turneringen US Open. I 1990 var hun nummer fire på rankingen over verdens beste kvinnelige tennisspillere i single. Hun kom til sin første finale i en Grand Slam-turnering i 1990, Australian Open, der hun tapte for tyskeSteffi Graf med 3-6, 4-6. To år senere var hun på nytt i finalen, denne gangen tapte hun mot Monica Seles med 2-6, 3-6. Senere på året ble hun olympisk mester da hun sammen med Gigi Fernández vant damedoublen i OL i Barcelona. Hun tok også olympisk bronse i singleturneringen. I 1993 tapte hun på nytt en Grand Slam-finale, denne gangen i French Open. Etter å ha vunnet en dramatisk kvartfinale mot Gabriela Sabatini, etter å ha tapt første sett med 6-1 og med fem matchballer mot seg ved stillingen 5-1, klarte Mary Joe å snu kampen til seier med 1-6, 7-6(7-4), 10-8. I semifinalen beseiret hun Arantxa Sánchez Vicario 6-2, 6-2 for å til slutt tape finalen mot Steffi Graf med 6-4, 2-6, 4-6.
Hun vant sin andre olympiske gullmedalje under OL i Atlanta i 1996, da hun på nytt vant doubleturneringen for damer sammen med Gigi Fernández. Hun deltok også på det seirene amerikanske Fed Cup-laget i 1996.
