Markus Nilsen (født 27. april 1989) er en norsk tidligere alpinist som representerte Narvik Slalåmklubb.
Nilsen hadde storslalåm som sin spesialitet, [2] og representerte Sportsklubben Freidig da han begynte å kjøre FIS-renn i 2004. Han deltok blant annet i verdenscupen i alpint, og hans siste FIS-løp var i 2013.[3]
Under Junior-VM i alpint 2008 tok Nilsen sølvmedalje i storslalåm, bak østerrikske Marcel Hirscher og foran svenske Matts Olsson.[4]
