Markus Heikkinen (født 13. oktober 1978 i Katrineholm) er en svenskfødt finsk fotballspiller som spiller for Start som midtstopper eller defensiv midtbane.
Han startet sin utenlandskarriere i 2003 med spill for Portsmouth, Aberdeen og Luton før det ble seks sesonger i østerrikske Rapid Wien. I august 2013 signerte han for Start[3], og markerte seg umiddelbart med scoring mot Aalesund i debuten[4].
Heikkinen har 61 landskamper for Finland fra debuten mot Bahrain i 2002 til han trakk seg fra landslagsspill i
2011.