Markus Fothen (født 1981) er en tysk landeveissyklist. Han er broren til Thomas Fothen.
Under Tour de France 2006 hadde Fothen ungdomstrøya i 13 etapper, før Damiano Cunego overtok trøyen på den 17. etappen. Fothen kom til slutt på andreplass i kampen om ungdomstrøya.