Sammen med søsteren Caterina Franziska var Marianne elev av Joseph Haydn og Antonio Salieri. I 1780 dediserte Haydn begge søstrene en syklus med seks klaversonater (Hob. XVI:35-39 og 20).
Marianne Auenbrugger led av dårlig helse og var muligens var fysisk handikappet.[3] Hun døde av tuberkulose i 1782, bare 23 år gammel.
Til Auenbruggers minne bekostet Salieri trykking av en av hennes klaversonater, og føyde til sin egen sørgesang for sopran og klaver.