Byen befinner seg nord i delstaten, om lag 40 kilometer fra grensa til USA. Området var opprinnelig befolka av tohono o'odham-folket og pima-folket.
Tillegget «de Kino» i byens navn er til ære for den katolske misjonæren Eusebio Francisco Kino, som jobba der. Kinos grav befinner seg i en krypt i sentrum av byen.
Magdalena de Kino fikk status som «Pueblo Mágico» i 2012.