Liste over fotballklubber i Estland inneholder estiske fotballklubber som er en del av seriesystemet.

• 1188 Infoabi

• FC A&A Kinnisvara
• FC ABB
• FC Abja
• FC Ahtamar Tallinn
• Ajax Lasnamäe
• PSK Alexela
• JK Alko Kohtla-Järve
• FC Ararat Tallinn
• FC Aspen
• FC Atletik Tallinn
• JK Atli Rapla

• FC Balteco
• FC Bestra

• Charma Tabasalu
• FC Comwell
• FC Concordia Audentes Tallinn

• FC DAG Tartu
• JK Dagöplast Emmaste
• SK Dvigatel
• Dünamo Tallinn

• FC EBS Team
• Eesti Koondis
• JK Eesti Põlevkivi Jõhvi
• FC Elva
• Hiiumaa ÜJK Emmaste
• EMÜ SK
• FC Energia
• Spordiselts ESDAG Tartu
• F.C.A. Estel Tallinn
• Esteve Maardu
• FC Eston Villa

• Tartu Ülikool Fauna
• FC Flora Järva-Jaani
• FC Flora Kehtna
• FC Flora Tallinn
• FC Levadia II Tallinn
• Fortuna Tallinn

• FC Goll
• WC Guwalda Pärnu

• FC Haiba
• FC Hansa United
• FC HansaNet.ee
• FC HaServ Tartu
• FC Hiiu Kalur Kärdla
• FC Hell Hunt

• FC Igiliikur Viimsi
• Imavere Forss
• Infonet Tallinn
• Infonet II Tallinn
• International

• JK Jalgpallihaigla
• FC Joker Raasiku
• FC Jüri

• JK Kadakas Kernu
• JK Kaitseliit Kalev
• JK Sillamäe Kalev
• JK Tallinna Kalev
• Kalevi SK Pärnu
• JK Karksi
• Keemik Kohtla-Järve
• Keila
• Keskerakonna JK
• Kick Sai Narva
• FC Kiiu
• SK Kirm
• Koeru SK
• Kose
• JK Kotkad Tallinn
• JK Kotkad Viljandi
• Kristiine JK
• Kuressaare
• Kuressaare II
• FC Kuristiku
• Rahvaspordiklubi Kuuse
• Kärdla Linnameeskond

• Laagri Saue
• FC Lantana Tallinn
• Legion Tallinn
• FC Lelle
• SK Lemons
• FC Levadia Maardu
• FC Levadia Pärnu
• FC Levadia Tallinn
• FC Levadia II Tallinn
• LiVal Sport Tallinn
• JK Liverpool Pub
• Lokomotiv Jõhvi
• Loksa Rahvaspordiklubi
• JK Loo
• FC Lootos Põlva
• FC Lootus Alutaguse
• FC Lootus Kohtla-Järve
• Luunja
• Lõuna-Läänemaa JK
• JK Löök Tartu

• JK Maag Tartu
• JK Maag Tammeka Tartu
• FC Maardu
• FK Maardu
• FC Majandusmagister
• FC MC Tallinn
• SK Mercury Tallinn
• FC Merkuur Tartu
• JK Merkuur-Juunior Tartu
• FC Metec Tartu
• FC Meteor Tallinn
• Metropool Pärnu
• FC Mets&Puu
• JK Minevik
• Muhumaa JK
• FC Mõigu-Rae
• Märjamaa Kompanii

• Narva Trans
• Navi Vutiselts
• FC Nikol Tallinn
• Noorus-96 Jõgeva
• FC Norma Tallinn
• Nõmme Kalju
• Nõmme United

• FC Olympic Tallinn
• FC Otepää

• Paide Linnameeskond
• Paide Linnameeskond II
• Pakri SK
• Pärnu JK
• Pärnu Linnameeskond
• Piraaja Tallinn
• FC Puuma
• Põhja-Tallinna JK
• JK Püsivus Kohila

• FC Q United
• Quattromed Tartu

• Rada Kuusalu
• Rakvere JK Tarvas
• FC Reaal Tallinn
• SC Real Maardu
• SC Real Tallinn
• JK Reliikvia Pirita
• FC Risti
• JK Rock & Roll
• Rolling Doors
• Räpina SK
• Rummu Dünamo

• Saaremaa JK
• SaareMaa JK aaMeraaS
• JK Sadam Tallinn
• Saku JK
• FC Santos Tartu
• Saue JK
• SK 10 Premium Tartu
• SK Tallinna Sport
• FC Soccernet
• FK Spartak
• FC Spiritas
• JK Sport Põltsamaa

• FC Štrommi Tallinn

• Tabasalu Palliklubi
• FC Tabivere
• JK Tajak
• Tallinn C.F.
• Tallinna Estonia
• Tallinna Jalgpalliklubi
• Tallinna Lõvid
• Tallinna Ülikool
• SK Tamme Auto Kiviõli
• JK Tammeka Tartu
• SK Tapa
• FC Tarvastu
• JK Tervis Pärnu
• FC Tevalte
• TJK-83 Tallinn
• Tondi
• FC Toompea
• FC Toompea 1994
• Tõrva
• Järvakandi JK Tribling
• Trummi SK
• Tulevik Viljandi
• Tulevik II Viljandi
• Turba NJK
• FC TVMK Tallinn
• FC Twister Tallinn
• SK Tääksi
• TFT Töfting
• Türi Ganvix

• FC Valga
• JK Vall Tallinn
• FC Vaprus Pärnu
• FC Velldoris
• KSK Vigri Tallinn
• Viimsi
• Viljandi
• JK Voka
• Võhma Linnameeskond
• Võru
• Välk 494 Tartu

• Warrior Tõrva
• Warrior Valga
• Welco Tartu

• FC Ühinenud Depood

• Liste over nasjonale klubber på national-football-teams.com