Lincoln County er et fylke i den amerikanske delstaten Missouri. Det ligger øst i staten og det grenser mot Pike County nord, St. Charles County i sørøst, Warren County i sørvest og mot Montgomery County i vest. Det har også grense mot delstaten Illinois i øst der elven Mississippi danner en naturlig grense.
Lincoln Countys totale areal er 1 659 km² hvorav 26 km² er vann. I 2000 hadde fylket 38 944 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Troy.
Eksterne lenker