Lee Carsley startet sin fotballkarriere i Derby der han skrev under på sin første kontrakt sommeren 1992. Han debuterte i ligasammenheng i 1994/95-sesongen, og totalt fikk han med seg 23 ligakamper og 2 ligamål i denne sesongen. Den påfølgende sesongen ble det 35 ligakamper og 1 ligamål før han i 1996/97-sesongen fikk bokført 24 ligakamper og 0 ligamål. Deretter ble det 34 ligakamper og 1 ligamål i 1997/98-sesongen før han i første del av 1998/99-sesongen fikk med seg 22 ligakamper og 1 ligamål for the Rams.
I mars 1999 ble Carsley kjøpt av Blackburn for £3 400 000, og han debuterte for Blackburn 3. april 1999 i en ligakamp mot Middlesbrough. Totalt fikk han med seg 8 ligakamper for Rovers i siste del av 1998/99-sesongen. Den 13. august 1999 scoret han sitt første mål som Blackburnspiller da klubben i en ligakamp mot Huddersfield tapte 3-2. Totalt spilte Lee Carsley 30 ligakamper, og han laget 10 ligamål, i 1999/00-sesongen.
Etter å ha spilt 8 ligakamper for Blackburn i første del av 2000/01-sesongen ble han i desember 2000 solgt til Coventry for £2 000 000, og hans første kamp for Coventry kom 10. desember 2000 i en kamp mot Leicester. Hans første mål for the Sky Blues kom 20. januar 2001 i en ligakamp mot Everton, og da 2000/01-sesongen var over hadde Carsley spilt 21 ligakamper og scoret 2 ligamål for Coventry. I første del av den neste sesongen ble det 26 ligakamper og 2 ligamål for Coventry før han i februar 2002 ble kjøpt av Everton for £1 900 000.
Lee Carsley debuterte for Everton 10. februar 2002 i en ligakamp mot Arsenal, og han scoret sitt første mål for klubben den 11. mai 2002, også det i en kamp mot Arsenal. Da 2001/02-sesongen var over hadde han fått med seg 8 ligakamper og 1 ligamål for the Toffees. De neste sesongene ble det 24 ligakamper og 3 ligamål, 21 ligakamper og 2 ligamål, 36 ligakamper og 4 ligamål før skader gjorde at han bare spilte 5 ligakamper i 2005/06-sesongen for klubben fra Liverpool.