Kirkøy er den største øya i Hvaler kommune i Østfold, med tettstedet Skjærhalden.[1] Øya har et areal på 30,04 kvadratkilometer[2] og har et småknauset og delvis skogkledd landskap. Høyeste punkt er Botneveten (70 moh.).
Øya har forbindelse til Asmaløy via Hvalertunnelen, og til Søndre Sandøy, Nordre Sandøy, Herføl og Lauer, samt Strömstad i Sverige, med rutebåter.
Kirkøy har omtrent 1 000 innbyggere (2007).