Karsten Isachsen vokste opp i Oslo som sønn av Knut Isachsen (1906–1993) og Margit Lilloe f. Gjertsen (1907–1988). Han tok artium ved Kristelig Gymnasium i 1962, ble cand.theol. i 1969 ved Menighetsfakultetet og tok praktikum ved Universitetet i Oslo i 1970.
I perioden 1962–72 arbeidet han som frilanser i NRKs Barne- og ungdomsavdeling og var i samme tidsrom timelærer i norsk, etikk og kristendom ved forskjellige skoler i Oslo. Han har også opptrådt som kabaretartist.
Prestetjeneste
I 1970 ble han ordinert til prest i Den norske kirke. Han var hjelpeprest i Ullern menighet i Oslo fram til utgangen av 1974. Fra 1975 til 1985 var han stiftskapellan i Tunsberg bispedømme med virke i Hol kommune.
Forfatter
Forfatterdebuten kom i 1978 med boken Gjester som ikke vil gå. Fra 1. august 1985 var han forfatter, foredragsholder og underholder på heltid. Som kristen forkynner var Isachsen hele tiden opptatt av tilhørere og lesere i utkanten av den synlige kirke.
I 1975 kjøpte Isachsen fjellgarden Eivindsplass i Skurdalen ved Geilo, og bosatte seg der. Gården er bygd ut til konferansesenter. Anlegget har også fire restaurerte hallingstuer fra 1700-tallet.
