Virtanen begynte sin journalistiske karriere i Östgöta Correspondenten og fortsatte til Aftonbladet der han var aktiv 1994–2017 som underholdningsskribent, spaltist og kronikør. Han var avisens New York-korrespondent i tre år og i flere års tid redaktør for fredagsbilaget Puls. Han medvirket til avisens lederspalte fra september 2011 til oktober 2017.
Høsten 2017 ble Virtanen kjent i opinionskampanjen #metoo, der han ble anklaget for en voldtekt i 2006.[2] Virtanen tok da «timeout» fra sine oppdrag hos Aftonbladet[3] og ble tvunget til å gå av som spaltist på Aftonbladets lederside.[4] I desember 2017 forlot Virtanen Aftonbladet helt.[5] Forut for at han sluttet i Aftonbladet, hadde avisen foretatt en intern granskning av ham. Hendelsen ble senere gransket av SVTs Uppdrag granskning,[6] og Svenska Dagbladet samt Expressen ble felt[7] i juni 2018 i Pressens Opinionsnämnd for publiseringer omkring hendelsen. Virtanen har hele tiden nektet for voldtektsanklagelsene og i januar 2018 anmelde han Cissi Wallin for æreskrenkelse.[8][9] I 2019 gav Virtanen ut boken Utan nåd ("Uten nåde") på det norske forlaget Gloria Forlag. Boken er et oppgjør med et destruktivt liv og et mediadrev, samt det han kaller «instagramfeminisme».[trenger referanse] Gloria Forlag gikk senere konkurs.
I januar 2018 politianmeldte han Wallin for æreskrenkelse, og rettssaken Wallin/Virtanen-ærekrenking ble gjennomført i november 2019. Den 9. desember ble Wallin dømt for grove ærekrenkelser.[10] Straffen ble fastsatt til betinget fengsel og 100 dagbøter, samt 90 000 kroner i oppreisning.[11]
I august 2020 utga Cissi Wallin sin selvbiografi "Allt som var mitt" på eget forlag i Sverige. Boken kom også samtidig ut på norsk, med tittelen "Alt som var mitt" utgitt av det norske forlaget Memo. Fredrik Virtanen valgte å saksøke Cissi Wallin, Memo forlag og to forlagsansatte for den norske utgivelsen. Han ville ha boken trukket fra markedet og utbetalt skadeserstatning for ærekrenkelser. Memo forlag ville imidlertid ikke trekken boken og mente at den var godt innenfor ytringsfriheten.[12]
Bare én uke før saken skulle opp i Ringerike, Asker og Bærum tingrett den 31. mai 2021, valgte Virtanen å trekke hele søksmålet.[13] I en kjennelse fra tingretten i etterkant av at Virtanen hadde trukket saken, ble han idømt å betale de påløpte sakskostnadene for Wallin og Memo forlag på rundt 580.000 norske kroner, i tillegg til at han måtte betale sine egne advokatkostnader.[14][15]
Memo forlag og deres advokat Jon Wessel-Aas beskrev det som en full retrett fra Virtanen at han trakk saken bare én uke før den skulle opp i tingretten.[16]