I løpet av langrennskarrieren vant Varis to seire i verdenscupen. Hun deltok i OL 2002 i Salt Lake City, der hennes beste plassering ble en fjerdeplass på 15 km.
Varis var med på det finske stafettlaget under VM 2001 i Lahtis, der laget kom inn på andreplass, men senere ble diskvalifisert på grunn av at Virpi Kuitunen ble tatt i dopingtest. To år senere, under VM 2003, var det Varis som ødela for der finske laget, som igjen gikk inn til andreplass. Her ble Varis tatt i dopingkontroll, og Finland mistet dermed nok en stafettmedalje. Varis ble utestengt i to år, men kom tilbake til verdenscupen etter at straffen var sonet.
24. januar2008 ble det kjent at Kaisa Varis på nytt er tatt for å ha avlagt en positiv dopingprøve. Både A- og B-prøven hennes var positiv på EPO, og 11. februar bestemte Det internasjonale skiskytterforbundet å utestenge Varis på livstid. Alle hennes resultater i skiskyting etter 6. januar ble også strøket.[2] Overraskende nok ble Varis frikjent av Idrettens Voldgiftsrett (CAS) i mars 2009, etter at en formell saksbehandlingsfeil forekom hos IBU, og hun kan nå konkurrere igjen dersom hun ønsker det.
