Woodgate startet karrieren hos Leeds United FC, før han i januar 2003 ble solgt til Newcastle United FC for 9 millioner pund. I august 2004 forlot han Newcastle til fordel for Real Madrid CF. Overgangssummnen lå da på 13,4 millioner pund. Tiden hans i Real Madrid var mye plaget av skader, akkurat som i Leeds og Newcastle. Han debuterte for Real Madrid den 22. september 2005, over ett år etter at han ankom klubben. Woodgate fikk en horribel start på karrieren i Real Madrid. I debuten lagde han selvmål og måtte gå av banen for to gule kort.
I 2006 gikk han på utlån til Middlesbrough, en overgang som ble gjort permanent i 2007. Han signerte for Tottenham den 28. januar 2008. Han ble frigitt fra kontrakten sin hos Tottenham Hotspur juni 2011, hvorpå turen gikk videre til Stoke City FC.
Referanser
^Base de Datos del Futbol Argentino, oppført som JONATHAN WOODGATE, BDFA spiller-ID 53725[Hentet fra Wikidata]
^FBref, FBref spiller-ID 9482a3bd[Hentet fra Wikidata]
^transfermarkt.com, Transfermarkt spiller-ID 3224, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]