I 1989 unnslapp han ved en tilfeldighet et mordanslag som kostet seks av hans medbrødre i jesuittordenen og to hushjelper livet.
Han har mottatt en rekke utmerkelser for sitt teologiske arbeid og sin innsats for rettferdighet.[trenger referanse]
Den 15. mars 2007 offentliggjorde Vatikanetskongregasjon for troslæren en offentlig notifikasjon der enkelte av de teologiske teser som Sobrino forfektet ble forkastet.[2][3] For Sobrino personlig fikk ikke notifikasjonen noen direkte virkninger (det ble for eksempel verken ilagt undervisnings- eller publikasjonsforbud).
^Vatikanets pressesal: Originaltekst på spansk, portugisisk, engelsk, italiensk. Nettsted sist besøkt 14. august 2007
Verker
Resurrección de la verdadera Iglesia. Los pobres, lugar teológico de la eclesiología (Presencia Teológica 8), Santander: Sal Terrae 1984
Jesús en América Latina. Su significado para la fe y la cristología (Presencia Teológica 12), Santander: Sal Terrae 1985
Liberación con espíritu. Apuntes para una nueva espiritualidad (Presencia Teológica 23), Santander: Sal Terrae 1985 (dt.: Geist, der befreit: Anstösse zu einer neuen Spiritualität. 1989 ISBN 3-451-21091-6)
Compañeros de Jesús. El asesinato-martirio de los jesuitas salvadoreños. (Aqui y Ahora 4), Santander: Sal Terrae 1989
Sterben muss, wer an Götzen rührt: das Zeugnis der ermordeten Jesuiten in San Salvador: Fakten und Überlegungen. Fribourg/Brig : Ed. Exodus 1990 ISBN 3-905575-04-3
Die Winde, die in Santo Domingo wehten, und die Evangelisierung der Kultur, in: Missionszentrale der Franziskaner (Hg.): Santo Domingo 1992. IV. Generalversammlung der Lateinamerikanischen Bischofskonferenzen. Werden – Verlauf – Wertung (Berichte, Dokumente, Kommentare 55), Bonn: Missionszentrale der Franziskaner 1993, 32-50
Befreiungstheologie als intellectus amoris. Gespräch von Martin Maier SJ mit Jon Sobrino SJ, San Salvador, in: Missionswissenschaftliches Institut Missio e.V. (Hg.): Jahrbuch für kontextuelle Theologien, Frankfurt/Main: IKO 2 (1994) 11-40