Fredriksen startet sin fotballkarriere i Råde Idrettslag. Som 19-åring meldte han overgang til Moss FK i 2002, som på det tidspunktet spilte i Tippeligaen. Han vil av mange bli husket som spilleren som reddet Moss FK fra nedrykk til 2. divisjon, da han i siste serierunde av 2004-sesongen scoret et mål på overtid, som førte til at MFK vant kampen og beholdt plassen i Adeccoligaen.
I desember 2008 ble det klart at Adeccoligalaget Sarpsborg Sparta Fotballklubb ble Fredriksens nye arbeidsgiver. Sommeren 2009 meldte Fredriksen overgang til engelske Football League One-klubben Hartlepool United i en overgang verdt 80 000 kroner.[1] Jon Andre Fredriksen returnerte så hjem til Moss Fotballklubb foran sesongen 2011.
[2]
Sommeren 2011 scoret han et spektakulært mål fra egen banehalvdel omtrent 60 meter fra målet i kamp mot Stabæk 2.
[3]