John Murphy Farley fikk sin teologiske og filosofiske utdannelse i County Monaghan, New York og Roma.
Prest
Den 11. juni 1870 ble han presteviet i Roma av kardinal Costantino Patrizi Naro. Han arbeidet deretter som stedfortredende kirkerektor i New Brighton på Staten Island. Fra 1872 til 1884 var han personlig sekretær for erkebiskopen av New York, John McCloskey, og ledsaget ham i 1878 til pavevalget i Roma, skjønt de ankom for sent - da var ny pave allerede blitt valgt.
I 1884 ble han sogneprest i New York, og fra 1891 til 1902 ledet John Murphy Farley erkebispedømmet New Yorks forvaltning som generalvikar.